1.黨委工作部
負責落實集團公司黨的建設，中層領導人員管理，宣傳與思想政治工作，企業文化建設，共青團和青年工作，統戰工作及扶貧工作。
2.紀檢綜合室
主要履行綜合管理、信訪舉報問題線索分辦轉辦、案件審理等職能。
3.紀檢監察室
主要履行監督檢查、執紀審查和依法調查處置的職能。
4.工會辦
負責職代會及工會的日常工作，維護職工的合法權益，開展職工福利和互助互濟等工作，履行集團公司勞動競賽委員會職責。
5.巡察辦
主要負責統籌、協調、指導、管理各項巡察督導工作。
6.綜合辦公室
負責集團行政綜合事務、信訪外事工作、保密工作，以及集團檔案管理和總部機關檔案收集管理，西北地區放射性礦產地質檔案資料的管理等。
7.發展規劃部
負責編制集團公司中長期發展戰略規劃及投資計劃，并組織落實戰略措施。
組織集團公司投資項目及二級子公司重大投資項目的管理。
8.財務會計部
負責集團公司全面資產管理、財政經費管理、財務內控體系與制度建設、全面預算決算和財務監督工作。
加強集團會計核算和資金集中管理。
做好籌融資業務管理和稅務管理工作。
9.企業管理部
負責集團年度經營目標、日常經營、制度管理等經營管理事項。
組織對集團所屬單位年度經營目標完成情況的監督考核。
10.人力資源部
負責集團人力資源的規劃管理、員工招聘調配與管理、教育培訓與職稱評審、薪酬福利、社保及離退休管理和集團公司事業編制員工管理工作等。
11.地質礦業部
負責集團公司地質項目、探礦權資源管理和礦業資源開發管理工作。
組織重大科研項目和生產技術攻關項目論證，為決策提供依據。
負責新疆維吾爾族自治區地質勘查及其延伸項目相關資訊收集及申報。
12.安全環保部
負責集團生產安全、應急救援和內保管理。
做好集團環境保護及節能減排管理和考核。
負責集團公司放射源的管理工作。
13.審計與法規部
負責集團內部審計、風險防范和責任追究工作。
負責集團公司重大事項的政策法規論證、法律盡職調查和法律風險提示與防范。
負責集團公司合同及對外文件的合規性審查（核）。
推進集團公司及所屬單位法律風險管理體系建設和集團公司訴訟案件及其他法律糾紛的處理。
14.科技信息與核技術應用部
負責集團公司科技創新、網絡安全、質量管理和信息化管理工作。
負責集團公司核能與核技術利用相關事項的管理工作。
通過科技創新、網絡安全和信息化建設，提升集團公司信息化條件下的核心競爭力。
15.醫藥發展部
負責編制集團公司醫療、制藥等業務的中長期發展規劃、年度工作計劃及重點工作任務、初步篩查管理范圍內各子公司的投資項目、制定完善相關配套管理制度。
負責研究國內外醫藥產業相關專業新技術，協調相關產業公司間的內部合作，定期調研業務內各子公司并給予日常指導工作。
16.核工業西北放射性礦產地質管理辦公室秘書辦（特設機構）
負責協助中核集團地礦事業部管理原西北10個大隊在西北地區軍工鈾礦地質勘探設施的退役治理各項工作。
負責與陜西省政府聯系的事宜。
